“新生篇章”的内容延续自第24集的内容：在第17使徒被消灭后，SEELE向NERV发出命令，要求EVA第一架飞机负责执行“人类完成计划”。然而，秀吉并不同意SEELE的做法，并拒绝执行。SEELE认定这是一种反叛行为，并决定彻底消灭NERV。黎明时分，NERV总部突然遭到战略自卫队的袭击，他们对NERV人员进行了残酷的屠杀。为了保护司机，葛成美利下令将精神崩溃的阿基拉送上第二架飞机，并将其安置在湖底深处。他亲自去营救日久真嗣。但在这一点上，Ikashi Shinji已经处于精神崩溃的边缘。
在“黑金ushijiman Kun kurokin sihara”的案件中，她以非法放债人的身份生活，被雅库扎人吸引，在接受不合理要求的同时生活在后社会。
然而，一夕之间，麻由子竟已理所应当般和他生活在一起，并绝口不提智彦，原本致力人脑记忆研究的智彦也下落不明。 崇史被巨大的不安紧紧攫住……
