由“国家组织CIRS”新设的特殊技能训练校“美滨学园”…… 因各种原因失去归所的少女们被交付的是，枪与实弹。 使用手枪的玲奈、擅长狙击的桐花、炸弹与信息处理的克莉丝、负责谍报活动的忍者邑沙季。 她们每天都以SORD成员的身份，处理警察及自卫队无法解决的事件，不断进行着危险的活动。 K县U港——。准备入国的重要人士突然消失了。 SORD成员开始调查失踪事件，但每当即将捕获消失的“行李”时，就会在还差一点的时候被其逃脱。 与姊妹校“京船樱丘”的SORD成员双子姐妹并肩作战，以及争执。 以及——在夜晚的城镇中疾奔的神秘女骑手“Soul Speed”·真纪的传闻——。 追踪最终转变成壮烈的死战，将身心一并撕裂。 ……但这同时还是，通往玲奈她们相遇之前的过去的旅程。
在与摄影师Mitsuya先生和一家大型医院的Kentaro会面后，身份不明的Tomomitsu决定进入俱乐部，而不摆脱自我认可的欲望和逃跑的指控。
传说这把飞剑是用来维护和平的，他的朋友嘲笑他不敢上大天狗山去取回麒麟生下的宝剑，结果他吓了一跳。另一方面，千年妖加藤浩（丰川裕二饰演）复活了。他利用对旧物品的怨恨，将它们和捕获的怪物扔进大怨灵炼火中，组成邪恶的怪物军队，并带领它们试图摧毁人类。在山神、河童、川姬等怪物的努力下，中植通过了考验。为了保卫世界，中植决定与怪兽们一起战斗，与大反派决一死战，怪兽战争正式开始！
