1年9班消失不见,朝比奈学姐视其形同路人,甚至早已死去的朝仓也代替凉宫春日坐在了阿虚的后面,而春日则如同人间蒸发一般无人知晓。当他冲向SOS团的教室时,只看到了孤零零坐在角落里看书的长门有希,一向淡定自若、冷如冰霜的长门大神也变成了怯懦害羞的乖乖女。从前一日长门留下的蛛丝马迹中,阿虚判断出这个世界似乎被某人重组了一番。 此时的阿虚,握有连接两个绝然不同世界的钥匙,他面临着重大的选择……
当明日花成为宿舍经理时,故事开始发生巨大变化。这里有一个宿舍,一群男孩住在一起,此外,曾支持过他的梦想的前学生Sashin Tan担任队长。被队长前进的姿态所打动,这朵花在忙于做饭、打扫卫生和洗衣的同时,重新找回了教学时的热情,并全力以赴地面对她的成员。