时间是公元2040年。年轻人连仁患有一种罕见的疾病，在再次见到青梅竹马的艾丽莎后，他接受了冷冻睡眠治疗。5年后，当连仁醒来等待他的时候，全世界99.9%的男性死于这种病毒，目前世界上有50亿人，其中大部分是女性。
女剑客阿鲁卡拥有高超的剑术，并用她的敏捷技能消灭任何阻碍她的敌人。洪师父的死标志着她“命中注定的复仇”的开始。洪大师的敌人是一个名叫秦一绝的女巫。她冷酷无情，杀人如野火，可以自由控制神秘的魔法——浊气。
此时的涉谷地区，正在发生名为“New Gene”的连续猎奇杀人事件，以被害者死状惨烈而臭名昭著。一日，拓己在网络聊天室里遇见了一名自称将军（代永翼 配音）的神秘人物，将军用津津乐道的口吻预言了下一次的猎奇杀人事件始末，并且传来了血腥暴力的现场照片。 一开始，拓己只当其是恶作剧者不予理会，但数日后，将军所预言的一切都成为了现实。拓己偷偷潜入犯罪现场，撞见了浑身是血眼神空洞的女生咲畑梨深（喜多村英梨 配音）并认定她就是杀人凶手。但不久之后，梨深却又以昔日老友的身份出现在了拓己面前。凶手究竟是谁？将军的真实面目是什么？在现实与幻想之间，拓己混沌的头脑要做出一次又一次的关乎于性命的选择。
