在北海道的一个小城市里，为市政府工作的小津（玉山铁二饰演）正和同事们一起深入茂密的森林。最近，他发现了一辆被遗弃的汽车，车内有一名中年男子和一条狗的骨头。除了沿途的几张小额消费券外，车内和车外都没有能够证明该男子身份的文件。
地球物理学家田锁雄介博士（小林敬树饰）带领团队前往深海进行科学研究，但发现海底存在异常裂缝和泥流。经过一系列调查，他得出结论，日本列岛将在一年内沉没。然而，日本政府官员认为，Tanso博士的预测只是一个谎言，不值得相信。
另一方面，被称为“风之王国”的“空中骑士”的“神秘女武神部队”开始行动。在“原始文明遗产”之谜的交织中，银河系之外的激情爱情和友谊的故事拉开了序幕。《时空要塞》的新动画《时空要塞Δ》于2014年10月发布。该片名于2015年9月正式确定，并于同年10月29日举行了制作新闻发布会。12月31日播出了一个特别节目。
