2599年,酝酿了五百年的火星迁徙计划终于要迈出重要一步了。在此之前,科学家通过注射藻类和蟑螂改善了火星上的生活环境。现在,为了避免死刑的惩罚,小町幸二(伊藤秀吉饰演)和青梅竹马秋田奈介(武井佐纪饰演)不得不同意本多博士(小林俊夫饰演)的要求,与不同身份和背景的人一起登上前往火星的宇宙飞船,例如武野俊夫(山下俊夫饰演,Hiroshi Ichiro(山田隆饰演)、Mori Akira(菊井林子饰演)和Tomoshi(加藤康夫饰演)。到达目的地后,他们惊讶地发现蟑螂已经进化成了非常强壮和高大的生物,并迅速对它们发起了攻击。在战斗中,他们了解到了这次火星之旅的真正目的,并竭尽全力与洪水般的蟑螂作斗争,以便返回地球
その道中、一行は正体不明のポケモン「プニちゃん」を旅に連れていくのだが、「プニちゃん」は謎の集団・フレア団に狙われていた。 击败了第七道馆的道馆训练家葛吉花后,小智一行人继续以收集齐八枚徽章为目标向映雪市进发。在旅途中,他们遇到了正体不明的绿色生物“小软”(基格尔德·核心)及为其目标而行动的神秘团体“闪焰队”。