「フランケンシュタイン対地底怪獣」の姉妹編。クローン生物のフランケンシュタインが、より怪獣的になり、分裂によって山の怪獣サンダと海の怪獣ガイラの2体に分かれる。心優しい兄のサンダと人間を食う凶暴な弟のガイラが、骨肉相食む死闘を演じる。Shinichi被要求解释密码,但在这个过程中,他遇到了一起谋杀事件,留下了犯罪现场疑似天狗袭击的痕迹。在一系列的风波中,新一能否解开密码并揭露真相?