在这个世界中，除了人类和妖怪外，还存在着另一个物种——人类和妖怪结合产生的返祖妖怪。由于其不纯正的血统，返祖妖怪经常会被同类驱逐甚至追杀，因此，一间专门为返祖妖怪提供庇护的“妖馆”应运而生。年轻的亚历克兄弟非常想念他们死去的母亲，他们愿意违反炼金术中最大的禁忌来提炼人体。但炼金术失败了。他的哥哥爱德华失去了左腿和右臂，弟弟阿尔方斯失去了身体。他只能把自己的灵魂附在一副盔甲上。
