《战国BASARA》中活跃的武将们,在现代高中再次展开了激烈的战斗:前任学生会长“丰臣秀吉”遭到停学处分,学园内群雄割据,为争夺新会长之位成为乱世。
就这样,多次挑战大洞穴的冒险家们逐渐获得了“洞穴人”的称号。奥尔芬·利科住在阿比斯边缘的“奥斯”镇,他梦想有一天能成为一名像母亲一样的伟大探险家,解开阿比斯之谜。有一天,利科趁着母亲丽莎的白长笛被发现的机会,决定潜入阿比斯的深处。Liko捡到的失忆机器人Reg也决定和他一起寻找自己的记忆。利科在深境第四层被一只穿子弹的野兽毒死。是“活骷髅”Nanaki救了Liko。Nanaki也成为了两人的同伴,他们的冒险之旅向波多黎各所在的Deep Realm的五楼推进。在那里,他们遇到了一个自称普鲁西卡的女孩