在药店担任药剂师的草刈萤和邮局职员悟郎是一对结婚两年半的夫妻。但是,两人的恩爱仅限于新婚之初,由于生活习惯和价值观的不同,两人开始为一些小事争吵,已经面临离婚的危机。其实萤和悟郎,彼此都有绝对不能对谁说的“背后的面孔”。
1945年的夏天,二次世界大战的阴影从地球上空褪去。远在北方的色丹岛无法独占宁静,炮火轰炸过后不久,苏联人的战舰军队到来,令日本岛民们不知是吉是凶。
Wille指示Akira(由Yuko Miyamura配音)和Shinri(由Masayama Sakamoto配音)夺回被封在卫星轨道上的Choku飞船和Hina Shinji(由Keimei Ogata配音),但Shinji被绝对禁止登上Choku飞船。无知的真嗣感受到了周围的敌意,跟随Ayanami(由Hyumi Lin配音)登上了突然入侵的9号航班,回到了千疮百孔的NERV总部。在这里,他意外地与朝思叶心目中的Ayanami重聚。他还从父亲那里得知,他将与漂亮的年轻人石田正久一起驾驶第13架飞机。时隔14年,其间的沧桑和情感纠葛让真嗣不知所措。看似温和的长崎为他揭示了各种不可思议的真相。。。这部电影是长荣新剧场版三部曲的第三部。