世冈学院是一所以严格的纪律而闻名全国的学校，普通高中生青间裕二（小林裕介配音）即将在这里开始新的校园生活。一场事故使杉树卷入了一个名为“SOX”的邪恶恐怖组织的阴谋。该组织的领导人Ayanami Huacheng（石川静香配音）实际上是石冈学院学生会的副会长！在这些“恐怖分子”的影响下，日治的生活会发生什么翻天覆地的变化——早期二女儿（日井里美配音）不成熟的外表和成熟的内在美，以及拥有与她可爱的外表极不相称的腹黑的鬼鼓修复（Horie Yuyi配音）？
四谷友助（上村祐翔 配音）是一名中学三年级的男生，在班上友助属于默默无闻的那类学生，他既不喜欢结交朋友，在课业上也平平无奇，总是独来独往。一天放学后，友助在意外中穿越到了异世界，让友助震惊的是，他在这里竟然遇见了同班同学新堂衣宇（久保田梨沙 配音）和箱崎红末（和气杏未 配音），她们一个是班级里人气极高的美少女，另一个则体弱多病，总是在病假中。然而，在这个世界里，他们三人是并肩作战的伙伴。 这并不是一个和平的世界，友助一行人要对抗的，是比他们强大的多的敌人，为了获得胜利保住性命，一切都有被利用的价值，甚至是同伴们的生命，亦可拿来作为与对手博弈的棋子。
2117年冬、公安局ビルに一台の暴走車両が突入する事件が発生。その運転手は青森にある潜在犯隔離施設〈サンクチュアリ〉の心理カウンセラー・夜坂泉だった。しかし取調べ直前に夜坂の即時送還が決定する。
