在经历了几次波折后，军事特工索尔贝（斋藤智郎配音）利用地球的龙珠将弗利萨带回了地球，而新复活的恶魔国王迅速启动了他的复仇计划。半年后，强大的弗利萨军队降临地球，悟饭（野泽雅子配音）、大魔王比克（久川实夫配音）、克林、天津饭和武田老师站了起来。孙悟空（野泽雅子配音）和贝吉塔（Horikawa Ryuki配音）跟随维斯（森田成一配音）在遥远的宇宙深处接受审判。在危机时刻，入侵地球的消息终于传到了韦斯和比鲁斯的耳朵里，悟空和贝吉塔即将与他们命中注定的敌人进行另一场对抗
中でもガシャドクロを生身で倒してしまう風花と霞の成長に驚く一同。なんとこの2年、2人は強さと人気を兼ね備えたアイドル忍者“ニンニンガールズ"として平和を守っていたのだった! 戦いを終え久々の再会を喜ぶ6人の前に「久しぶりね天晴」とまさかの人物、天晴と風花の母・桜子が現れた。しかも風花と霞を誘い“ニンニンガールズ"をプロデュースしているというのだ。さらに世界進出を考える桜子から“伊賀崎流"の名前をかけて“ニンニンガールズ"と真剣勝負を提案される天晴、八雲、凪、キンジの4人は“ニンニンボーイズ"として受けて立つこととなった。この試合もアピールの場として使おうとする桜子は、新メンバー・九重ルナの加入をサプライズ発表。さらにミドニンジャーシュリケンを勝手に与える暴走っぷり。そして数合わせとして旋風も加わり4対4の真剣勝負が始まった。 時を同じくして、執念の復活を遂げた有明の方が萬月の復活と、真剣勝負を利用したニンニンジャーの分裂を企て暗躍を開始する――。 果たしてニンニンジャーは再び世界の平和を守ることが出来るのか! ?
